膜分離技術雖然有諸多優(yōu)點，但是作為一種新興的技術，在應用過程中仍然存在一些問題：

　　(1)膜材料種類偏少、膜孔徑分布寬、性能不穩(wěn)定。生物化工產品復雜多樣、種類繁多，分離效果因產品不同差異很大，而且不同膜材料對產品的吸附量差異也很大，膜選擇不合適，會造成產品回收率低。因此，多樣化的膜材料及膜組件的開發(fā)非常必要，可以較好地避免上述問題。

　　(2)料液中固含量高，操作過程中，膜面易產生濃差極化現(xiàn)象，顯著降低膜通量。針對濃差極化現(xiàn)象，可以采用錯流模式運行，提高膜面流速，減輕或消除膜面濃差極化現(xiàn)象，改善膜過濾性能。

　　在膜分離技術應用過程中，產生膜的污染是在所難免的，產生膜的污染的原因很多，膜污染原因比較復雜，但究其主要原因是濃差極化和膜污染。濃差極化是膜表面局部濃度增加引起邊界層流體阻力增加，導致傳質推動力下降的現(xiàn)象，而膜污染是指料液中的微粒、膠體粒子或溶質分子由于與膜之間存在物理化學作用而在膜表面及膜孔中沉積，使膜孔堵塞或變小，膜阻增大，膜的滲透速率下降的現(xiàn)象。