南京市排水管理處成立于1978年，屬差額撥款的事業(yè)單位。2004年，因市政管養(yǎng)體制改革，原承擔(dān)的行業(yè)規(guī)劃、行業(yè)執(zhí)法、行業(yè)考核、城區(qū)防汛、排水許可等行業(yè)管理職能剝離。目前，主要負(fù)責(zé)全市污水管道、污水泵站、雨污合流泵站和部分雨水管道、雨水泵站以及市管水閘、內(nèi)秦淮河截流溝等排水設(shè)施的運(yùn)行維護(hù)，并負(fù)責(zé)江心洲污水處理廠和仙林污水處理廠的運(yùn)行。同時(shí)，承擔(dān)部分排水工程的建設(shè)任務(wù)和排水許可的委托檢測工作。 處機(jī)關(guān)設(shè)辦公室、黨群工作部（工會(huì)、共青團(tuán)）、運(yùn)行維護(hù)部、技術(shù)設(shè)備部、工程管理部、綜合管理部、安全保衛(wèi)部、計(jì)劃財(cái)務(wù)部8個(gè)部門，共設(shè)有江心洲污水處理廠、仙林污水處理廠、管線管理所、閘站管理所、河道管理所、排水監(jiān)測站、給排水工程公司、監(jiān)理咨詢公司8個(gè)基層單位。 另外，2002年經(jīng)主管局批準(zhǔn)成立的江心洲污水處理廠擴(kuò)建工程指揮部（簡稱“江擴(kuò)指”），隸屬于排水管理處，相對(duì)獨(dú)立運(yùn)作。先后承擔(dān)了江心洲污水處理廠擴(kuò)建工程、仙林污水處理廠一期建設(shè)工程的建設(shè)任務(wù)。目前主要負(fù)責(zé)鎖金村地區(qū)雨污分流改造工程、玄武湖流域雨污分流及水環(huán)境整治工程的建設(shè)工作。根據(jù)所承擔(dān)的工作任務(wù)，2010年7月對(duì)江擴(kuò)指機(jī)構(gòu)予以撤銷，人員與工程管理部作了整合，保留江擴(kuò)指綜合協(xié)調(diào)辦公室負(fù)責(zé)處理江心洲污水處理廠建設(shè)的善后事宜。
南京市排水管理處位于江蘇路20號(hào)，是一家專注于環(huán)境保護(hù)的高新技術(shù)企業(yè)。作為專業(yè)的環(huán)保公司，始終以中國的環(huán)境保護(hù)事業(yè)為己任，竭誠致力于環(huán)保服務(wù)事業(yè)，綜合實(shí)力在全省同類型企業(yè)名列前茅。南京市排水管理處成立以來，已經(jīng)取得國家環(huán)保部頒發(fā)的污染治理設(shè)施運(yùn)營資質(zhì)證書，具體為：2009年獲得生活污水甲級(jí)資質(zhì)，有效期為2012年05月；2009年獲得工業(yè)廢水甲臨資質(zhì)，有效期為2012年05月。